污水处理菌种的选择需要根据不同的场景和具体问题来进行合适的考虑，下面是一些可能需要考虑的优缺点：

1. 去除能力：不同的菌种对于有机物和污染物的去除能力各有差异，例如一些菌种擅长去除氮、磷等营养物质，而另一些则更擅长去除有机物。需要根据实际场景选取最适合的微生物群，以达到最佳的去除效果。
2. 适应性：由于实际场景的复杂性，不同的污水处理工程涉及的环境条件差异较大，例如pH值、溶解氧、温度、厌氧性/好氧性等，这就使得污水处理菌群的适应性成为一个关键的因素。选择适应性较强的菌群可以提升系统的鲁棒性和稳定性。
3. 生长速率：菌株的生长速率越快，在实际处理过程中也将会表现出更高的活性和有效性，但同时也意味着其代谢物质的消耗速度也加快，并需要更多的营养物质供给。在实际操作时需要考虑菌株生长速率和消耗的营养物质之间达到协调平衡。
4. 抗药性：某些菌株在长期的废水处理过程中可能会产生抗性，如果选择到抗药性高的菌株则可以避免针对「杀菌操作」处置数量的增加，但同时也要注意避免使用耐药性过强的菌种，以免形成菌群的垄断，导致系统失衡。
5. 操作便利性：菌种的选择还需要考虑其买来迁存、运行参数针对性操作等条件下，具有良好的适用性能，防止出现意外事故，例如菌种死亡或者溢漏等等。

总之，在实际应用中，需要根据实际情况仔细综合评估各个方面的优缺点来选择合适的污水处理菌种。

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